在《劇場版物怪：唐傘》的激烈對決後不久，賣藥郎（神谷浩史配音）再次現身，這次他來到了大奧的內庭。先前事件過後，這裏正經歷一場動盪。出身名門的女子大友牡丹（戶松遙配音）接替歌山成爲新任總管，並開始推行一種嚴謹而平衡的領導方式。這種高壓政策逐漸加劇了她與曾受天皇（入野自由配音）寵幸的資深花魁富貴（日笠陽子配音）之間的關係日益緊張，兩人之間的裂痕日益加深。天皇的妻子有希子皇后（種崎敦美配音）所生的皇子即將選定監護人，一場突如其來的事件卻徹底顛覆了富貴的命運。她產下了一個被視爲“不祥之子”的嬰兒，被年長重臣大友（堀內賢雄配音）視爲威脅，從而成爲一場權謀陰謀的目標。在男權體制編織的權力之網中，利益衝突與掩蓋真相的手段迅速失控。與此同時，奇怪的事件接連發生，人們無故自燃，瞬間化爲灰燼。賣藥郎懷疑是物怪作祟，展開調查。然而，他所面對的，是一種神祕而不斷變化的羣體性威脅。這個物怪的真實身份，正是火鼠（日根住配音）之子。他們不僅攻擊人類，還似乎在尋找自己的母親，然而，這位“母親”始終不肯現身。火鼠爲何專門針對那些傷害新生兒之人？又是什麼樣的悲劇，讓她悲痛至極、自焚不止？賣藥郎深入大奧之中，揭開層層黑暗，追尋斬除物怪所需的三大要素：“形”、“真”與“理”，誓要揭示真相，平息災禍。