江戶時期的日本，流行一種“百物語”遊戲：一羣人點起一百盞油燈，然後每個人輪流着講鬼故事，每說完一個故事，就吹熄一盞燈。據說當最後一盞燈被熄滅後，會招來真正的鬼怪。《怪談百物語》以每集一個怪談故事的形式，講述了十一個家喻戶曉的神祕靈異故事。
　　能親眼目睹妖怪怨靈的陰陽師（竹中直人 飾）是每一集故事的聯結者，他是大陰陽師的後裔，卻生活落魄。他行蹤飄忽，所到之處總會伴隨着各種各樣靈異事件，他總是儘自己的能力去解開謎底、破除惡鬼。某夜，他做了一個可怕的噩夢，第二天發現噩夢竟然成真。隨着事件的發展，一個個陰謀逐漸浮出水面。他慢慢發現，所謂的靈異現象，其實正是人們自己一手造成的……