“TOKYO MER”正式認可半年。爲了在全國政令指定城市開展MER，代替離開隊伍的音羽（賀來賢人）的第二醫生問題讓喜多見（鈴木亮平）頭痛不已。在隊伍內希望比奈（中條綾美）升格的聲音也提高，不過，音羽斷言比奈應該向循環器外科的道前進。比奈也感到壓力，煩惱着能不能代替音羽。這時，青戶（伊藤淳史）作爲支援醫生來到MER。青戶和音羽一樣是厚生勞動省的醫科技術官，表面上是作爲第二醫生候補的派遣，但那裏有厚生勞動省方面的想法。
　　就在這時，隅田川發生了大型水上巴士和屋形船的碰撞事故。載着很多傷員，失去控制的屋形船暴走了。雖然是趕往現場的MER的成員們，但是因爲不能接舷，所以不能進入。並且由於船底內部的燃料泄漏，裝載了很多的患者爆炸的可能性被發現！喜多見等人爲了救助被遺棄的人們，進行了意料之外的作戰。那正是決死的挑戰。