即將升上初中二年級的朝日奈未來，在春假的某天晚上，看到一神祕物體從天落入附近的公園裏。“難道是魔法使？”，興奮的未來第二天一早就和自小就喜愛着的絨毛玩具熊“毛芙倫”一起向公園前進。結果在那裏看到的是……騎着掃帚漂浮在空中的女孩……自稱是理子的那個女孩子，竟然是魔法使。
　　未來對魔法使非常感興趣，對理子問東問西的。理子好像是爲尋找“某物”而來到未來居住的世界。此外，仔細一看，她們兩人帶着同樣的吊墜…。
　　就在此時，暗之魔法使•多庫羅克希的部下巴提在兩人面前出現。他逼迫理子交出“波紋翡翠”（リンクルストーン・エメラルド，Wrinkle Stone Emerald），但是理子好像也在尋找“波紋翡翠”……
　　當被巴提的黑暗魔法所誕生的怪物慾望怪逼入絕境時……未來和理子、還有毛芙倫手牽着手，不斷地喊出魔法的咒文“Cure Up・Rapapa! ”，吊墜突然發出了光輝。
　　於是，傳說的魔法使“光之美少女”就此誕生。