哥斯拉突然從海底出現，於東海村登陸將市內的建築物及發電廠完全破壞，雖然自隊向哥斯拉展開猛烈攻擊，但卻完全阻止不了它前進。另一方面，危機管理情報局的官博士於茨城縣的海溝發現直徑200米的古代隕石，後來隕石內的有機物質與哥斯拉相遇並自我進化成巨大怪獸奧加，而哥斯拉就與奧加在西新宿展開一場生死戰。