《彗星路西法》講述閃耀着藍色光輝的礦石吉夫特礦石所覆蓋的大地，行星吉夫特。宗吾天城是住在因吉夫特礦石採掘而繁榮的小鎮，靛藍花園的純樸少年。以收集稀少礦石爲樂趣的宗吾，某天被捲入同級生卡恩、羅曼、歐特等人引發的騷動，迷失在礦山深處的地底湖。在那裏，宗吾遇到了一位不可思議的少女隨風飄逸的藍色長髮，直直凝視的紅色瞳孔。她究竟是什麼人，這次邂逅給宗吾帶來了什麼？隨後，締結的羈絆將打開通往冒險的大門。