明治維新運動後十二年，日本迎來了新時代。曾經叱吒風雲的劊子手緋村劍心如今已成爲和平主義者，與朋友們一起在東京過着平靜的生活。一天晚上，劍心最喜歡的餐廳遭到炮火襲擊，只留下一張寫着“人誅”的字條——有人準備替天行道，審判之日近在眼前。此人名爲雪代緣，對劍心懷恨在心，帶着一衆手下前來複仇。目睹無數無辜之人被牽扯進這場殘酷的鬥爭，劍心終將面臨一場審判，並由此找到對過去的救贖。