在參拜母親墳墓的回程途中,真嗣(緒方惠美 配音)和葛城美里(三石琴乃 配音)遭遇了第七使徒的攻擊,關鍵時刻2號機勢如破竹挫敗對手,真嗣也由此結識了2號機的操縱者式波·明日香·蘭格蕾(宮村優子 配音)。與沉默寡言的綾波麗(林原惠美 配音)不同,明日香自信張揚,甚至有些自大,在和真嗣相處的日子裏,彼此鬧出不少的笑話。他們三人分別駕駛着零號機、初號機和2號機,抵抗了第八使徒猛烈的攻擊,在這一過程中,淡淡的情愫悄然在這三個青年男女的心中萌生。不久後,第九、十使徒相繼降臨,真嗣他們面臨着生與死的殘酷考驗……
本片爲福音戰士新劇場版四部曲第二部。