舞臺是象徵理性的「青之世界」,然而正在遭受由本能支配的「紅之世界」的生命體NightflyO’Note的襲擊與侵略。17歲的主人公麻黃Akira就職爲青之世界研究員,隨後因爲能力出衆而被提拔爲最前線的戰鬥指揮官,受命負責橫跨石垣島和西表島而構成的對位相外防衛機關,通稱「琉球LAG」。在那裏她遇見了在第五戰鬥單元經過激戰而全軍覆滅之後,於四年前成立的第六戰鬥單元「IS」的學生們。主人公作爲教官,率領着又稱「Scared Rider Xechs」的6名騎手(Rider),共同浴血奮戰,應對來自異世界的攻擊和威脅。在這樣的生活中,他們的友情也在逐漸加深。