年輕的X教授查爾斯(詹姆斯·麥卡沃伊 James McAvoy 飾)和萬磁王埃裏克(邁克爾·法斯賓德 Michael Fassbender 飾)是一對志向相投的好朋友。他們最早發現了自己的超能力,並與其他幾個變種人一起在CIA工作。引發埃裏克超能力的納粹戰爭販子肖(凱文·貝肯 Kevin Bacon 飾)一直試圖挑起核戰爭,而想方設法挑起美蘇兩國的矛盾。埃裏克和查爾斯一直與肖手下的變種人戰鬥,努力阻止肖的陰謀。肖慫恿蘇聯引發古巴導彈危機,查爾斯和埃裏克獲知消息後,在海灣與肖手下的變種人拉開了對決的一戰。最終,肖被查爾斯和埃裏克合力消滅。可是,在這個過程中,埃裏克逐漸被肖的政治觀點影響,與查爾斯產生裂痕。通過海灣的這一戰,埃裏克和查爾斯最終決裂,一方變成支持人類與變種人和平共存的X教授;另一方堅持通過消滅人類換來變種人興起的觀點,自稱萬磁王......